Firestore Enterprise 版提供進階查詢引擎，支援多種查詢功能。因此，這個版本的查詢執行方式明顯不同，索引也變成選用項目。因此，系統不會再自動建立單一欄位索引。雖然這可讓查詢在沒有預先設定索引的情況下執行，但未建立索引的查詢預設會掃描整個集合。開發人員可以視需要建立索引，在資料集成長時改善延遲時間和成本。
除了 Firestore Standard 版列出的功能外，Enterprise 版還支援下列作業模式，可在建立資料庫時選取：
- 原生模式 Firestore，具備核心作業和管道作業：這個模式整合了兩種不同的作業：核心作業和管道作業。Firestore Core 作業提供標準的文件建立、讀取、更新和刪除 (CRUD) 功能，並內建即時監聽查詢和離線持續性支援。Firestore 管道作業採用彈性的查詢語法，可執行進階資料擷取作業，包括使用子管道進行關聯式彙整。如要進一步瞭解這些功能，請參閱「原生模式的 Firestore 總覽」。
- 與 MongoDB 相容的 Firestore：開發人員可使用現有的 MongoDB 應用程式程式碼、驅動程式、工具，以及與 Cloud Firestore 整合的 MongoDB 開放原始碼生態系統。這項服務支援 MongoDB 查詢語言 (MQL) 和 BSON 資料類型，可有效取代 MongoDB 工作負載，同時提供 Firestore 自動調度資源和高可用性的優點。如要進一步瞭解這些功能，請參閱「MongoDB 相容性總覽」。